Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Tổ chức Đảng bộ của Bộ Tham mưu như sau:

• Đảng bộ Quân chủng Hải quân là cao nhất.
• Đảng bộ Bộ Tham mưu thuộc Đảng bộ Quân chủng Hải quân
• Đảng bộ các đơn vị trực thuộc Bộ Tham mưu (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)

Ban Thường vụ của Bộ Tham mưu gồmː

• Bí thư Đảng ủy Bộ Tham mưuː Phó Tham mưu trưởng đảm nhiệm
• Phó Bí thư Đảng ủy Bộ Tham mưuː Tham mưu trưởng đảm nhiệm.
• Ủy viên Thường vụ Bộ Tham mưuː Thường là các Phó Tham mưu trưởng còn lại.